I premi, equamente attribuiti a Giovanni Segantini per il Ritorno al paese natío, e a Francesco Paolo Michetti per La figlia di Jorio, furono il frutto di un giudizio salomonico: riconosciute due tendenze artistiche, ne vennero premiate le personalità più rappresentative. La grande tempera di Michetti era stata eseguita a Francavilla a Mare, proprio nel convento dove Gabriele D'Annunzio, amico del pittore, scrisse più tardi una tragedia sullo stesso soggetto.
Ma l'opera che suscitò il maggior clamore, per l'argomento ritenuto scabroso (un uomo morente circondato da nudi femminili) fu invece il Supremo convegno di Giacomo Grosso, che vinse il premio assegnato da un referendum popolare, istituito a fine rassegna.

Nel 1897 il nuovo sindaco Filippo Grimani sostituì Selvatico alla Presidenza della Biennale. Per la seconda Esposizione di quell'anno, in concomitanza con la fondazione della Galleria d'Arte Moderna di Venezia, la giuria optò per la conversione dei premi in acquisti, a beneficio delle pinacoteche nazionali e locali. La stessa giuria, con l'intento di migliorare la promozione della manifestazione, istituì un Premio della critica, che da una parte stimolò la produzione di articoli e recensioni, migliorandone il livello, dall'altra segnò una tappa nella storia della critica d'arte contemporanea. La giuria, sostenendo la linea di una critica colta e moderata, assegnò il premio a Primo Levi, mentre le tendenze della critica militante ottennero un secondo posto ex aequo con i premi a Ugo Ojetti e Vittorio Pica (che poi sarebbe diventato Segretario Generale della Biennale).

Nelle prime biennali di Venezia venne abbastanza trascurata l'arte francese, mentre i rapporti privilegiati con la Secession misero in risalto quella tedesca. Già nel 1899, infatti, venne presentata la Giuditta II di Klimt. Intanto un gruppo di artisti italiani diede vita a una corporazione, che proponeva le proprie collettive alle esposizioni pubbliche, vietando ai propri membri di prendere parte singolarmente alle rassegne. Considerata questa linea di dissenso, la Biennale concesse ai corporati di esporre in sale proprie, destinando ai più noti come Michetti e Sartorio una mostra distinta, inaugurando così la nuova formula della personale, applicata dalla III Biennale.